Durante sus primeros 30 años de existencia, el Laboratorio de Parasitología del Instituto de Medicina Tropical basó sus logros investigativos en la búsqueda, análisis y descripción morfológica de los agentes parasitarios involucrados en infecciones gastrointestinales. Sin embargo, desde su aparición, las herramientas moleculares y de ingeniería genética, fueron subutilizadas por más de dos décadas. Con la llegada del nuevo milenio, la interacción con instituciones pares internacionales facilitó la inserción de nuevos enfoques y desarrollo de capacidades para resolver problemas o absolver preguntas con mayor grado de complejidad. Así, se presenta los resultados de un estudio que integró los conceptos primigenios de la Parasitología y enfoque ambiental, con el usufructo de los avances tecnológicos y manejo moderno de la información. Giardia y Cryptosporidium son protozoarios potencialmente patógenos y ubicuos en aguas superficiales no tratadas.
Se evaluó su presencia en aguas del río Rímac y se determinó su caracterización molecular con fines epidemiológicos. Se incluyó 60 muestras de agua superficial tomadas de tres localizaciones en Lima y Callao, período 2014-2015. Las muestras se concentraron con filtración de membrana; quistes y ooquistes recuperados, se visualizaron mediante técnicas microscópicas como inmunofluorescencia directa (IFA) y contraste diferencial de interferencia (DIC).
Para la caracterización molecular, fragmentos de los genes tpi, bg (Giardia spp) y 18S rRNA (Cryptosporidium spp) fueron amplificados por PCR, sobre cuyos productos se realizó secuenciamiento y posterior análisis filogenético. Quistes de Giardia se encontraron en el 93.3% de las muestras analizadas; ooquistes de Cryptosporidium en el 15%. Se detectaron ooquistes en 20,0% de muestras de agua de los Puntos 1 (promedio 5,25 ooquistes/L) y 2 (promedio 52,3 ooquistes/L), mientras que en el Punto 3, se detectaron ooquistes en el 50.0% de las muestras de agua cruda (promedio 193,6 ooquistes/L). Por análisis filogenético de los genes bg y tpi, se confirmó la presencia de la colección A de Giardia duodenalis en varias muestras, mientras que la sub-colección AII fue predominante (8/9). El secuenciamiento de Cryptosporidium resultó en perfiles compatibles con Cryptosporidium hominis, C. meleagridis y C. baileyi. Este es el primer reporte del hallazgo de la colección A/sub-colección AII de G. duodenalis, y de especies de Cryptosporidium en muestras de agua superficial del Perú. Estas especies y sub-tipos están asociados con enfermedad humana; se resalta el potencial riesgo en la salud pública y destaca la necesidad de incrementar y mejorar las medidas de monitoreo ambiental para proteger esta principal fuente de agua superficial de Lima.