En la Unidad de Epidemiología Molecular (UEM) concurren los grupos de investigación del IMTAvH que utilizan las técnicas de biología molecular para estudiar enfermedades infecciosas que son problema de salud pública en el Perú. Resalta la estructura abierta de su laboratorio que permite la discusión científica y la cooperación. El equipamiento permite llevar a cabo estudios epidemiológicos sofisticados y complejos, y todo de una manera autosostenible, disminuyendo los costos de investigación. El curso anual sobre epidemiología molecular de enfermedades infecciosas es el principal instrumento de proyección social para el fortalecimiento de recurso humano del país. La UEM está abierta a la comunidad de científicos de la UPCH y brinda servicios de apoyo a investigadores de otras instituciones.